Dans les années 1980, un groupe de jeunes du Canton d'Amancey dans le Doubs eut l'idée de créer une radio locale, suite à l'ouverture des ondes en 1981. Le concept principal est l'animation du milieu rural. La première diffusion fut le 5 avril 1986. La radio, ayant rempli ses premiers objectifs, couvre maintenant une plus large zone en Franche-Comté. Le siège est situé dans le village de Déservillers, près de Besançon. Actuellement, la zone de diffusion de Villages FM s'étend sur une grande partie du Haut-Doubs jusqu'à la frontière de la Suisse (107.4), en direction du grand Besançon (99.8) ainsi que la Vallée de la Loue et la ville d'Ornans (105.1).